清康熙四十年(1701)后，莫高窟逐漸被人注意。雍正年間督修敦煌城的汪□發(fā)現(xiàn)莫高窟壁畫。嘉慶年間西北史地學家徐松游歷莫高窟，在《西域水道記》中記敘了有關(guān)莫高窟的資料。道光十一年(1831)敦煌知縣蘇履吉修撰的《敦煌縣志》刊載描述莫高窟的版畫和詩文。光緒二十六年(1900)道士王圓□發(fā)現(xiàn)藏經(jīng)洞(敦編17窟）和洞中的古代寫經(jīng)、文書、文物4萬余件。這項重大發(fā)現(xiàn)轟動了世界。1907～1914年英國人a.斯坦因,法國人伯希和,日本人桔瑞超、吉川小一郎，俄國人С.□.奧爾登堡接踵而來,竊取了藏經(jīng)洞的大批珍貴文物。1922年數(shù)百名白俄軍人流竄至此,在石窟中修炕起灶,使30多個洞窟的壁畫被煙火熏黑。1924 年美國人l.華爾納偷揭莫高窟壁畫26塊。20世紀初，國外連續(xù)不斷的偷盜和破壞，使莫高窟蒙受較大損失。40年代前后，中國學者多次對它進行考察，其中重要的有：1941～1943年張大千進行的石窟編號、斷代和壁畫臨�。�1942、1944 年向達、夏鼐、閻文儒到莫高窟考察。1943年莫高窟收歸國有，在該地設(shè)立了國立敦煌藝術(shù)研究所，開始了保護和研究的歷史。1950年將敦煌藝術(shù)研究所改名為敦煌文物研究所，此后作了多次勘察，并做了大量臨摹和保護工作。

1951年文化部組織專家對莫高窟進行了全面勘察，提出了保護和維修方案，搶修了瀕臨倒塌的五座唐宋木構(gòu)窟檐。此后徹底清除了堵塞數(shù)百年的下層洞窟的全部積沙，從積沙中陸續(xù)清出了17個洞窟，對大面積行將脫落的壁畫作了搶救性的邊緣加固。60年代初，在甘肅省文化局主持下，對莫高窟進行了調(diào)查，劃定了東至三危山、西至鳴沙山、南至大泉、北至文化公路方圓10余平方公里的保護范圍，設(shè)置了保護標志，建立了保護檔案。1962年文化部負責人率專家組再次赴莫高窟考察，提出了莫高窟危崖加固工程計劃，1963～1966年、1984～1985 年分4 期進行了莫高窟南區(qū)危崖加固工程，采用頂、擋、刷的辦法，防止了有各種裂隙的危崖倒塌，使380個洞窟得到了保護,并架設(shè)了連接各窟的通道,外觀樸素大方,徹底改變了破敗荒涼的面貌。與此同時,配合加固工程，進行了南區(qū)窟前大面積考古發(fā)掘，發(fā)現(xiàn)了20多個窟前殿堂遺址和7個窟龕。60年代以來，在文物保護科學技術(shù)研究單位的幫助下，經(jīng)過反復試驗，篩選出適合莫高窟壁畫保護的修復材料和修復工藝，對1200 平方米有起甲、酥堿病害的壁畫進行了有效的修復。與此同時，逐步開展了對壁畫的各項科學研究及保護工作，如壁畫無機顏料物相分析、壁畫變色原因探討、煙熏壁畫清洗試驗、環(huán)境與壁畫保護關(guān)系的研究、壁畫加固材料試驗等等。1984年以來，在香港著名愛國人士邵逸夫的資助下，莫高窟安裝了通風避光的窟門和壁畫保護屏風。為了加強保護工作，1984年敦煌文物研究所擴大為敦煌研究院，院下設(shè)敦煌石窟保護研究所，充實了科技力量，專門負責石窟維修、壁畫和彩塑的保護研究和修復、檔案資料和日常管理。西千佛洞由于崖體石質(zhì)松散，殘損坍塌較甚。主體部分洞窟也在1987年得到全面加固修繕。